Archaebacteria dan Eubacteria adalah dua jenis makhluk hidup yang bersel satu yang tidak memiliki membran inti sel, atau bersifat prokaryota. Namun ada perbedaan diantara keduanya. Karena perbedaan itu, pada abad ke 20 ilmuwan memisahkan Archaebacteria dari Eubacteria, menjadi kingdom sendiri, yang juga disebut sebagai Archaea.
Persamaan Archaebacteria dan Eubacteria adalah tidak mempunyai membran inti (prokariotik).
Perbedaan Archaebacteria dan Eubacteria adalah:
1. Susunan dinding sel
Dinding sel Eubacteria mengandung peptidoglikan, sedangkan sel Archaebacteria tidak memiliki peptidoglikan.
Peptidoglikan, juga dikenal sebagai murein, adalah polimer yang terdiri dari gula dan asam amino yang membentuk lapisan mirip jaring di luar membran plasma sebagian besar bakteri, membentuk struktur dinding sel.
2. Susunan materi genetik
Sel Archaebacteria mengandung histone sebagai pelapis materi genetik DNA (Asam Deoksiribonukleat), sedangkan sel Eubacteria tidak memiliki histone.
Histones adalah protein basa yang biasanya ditemukan di inti sel eukariotik (makhluk hidup dengan membran inti sel) yang melapisi DNA ke dalam unit struktural yang disebut nukleosom. Dalam hal ini, Archaebacteria, meski tidak memiliki membran inti (eukaryotik) tetapi memiliki histone yang menunjukkan hubungan kekerabatan secara evolusioner dengan makhluk hidup eukariotik.
3. Lokasi Hidup
Sel Archaebacteria umumnya hidup di daerah dengan suhu dan kondisi ekstrim seperti air panas di kawah gunung berapi, di dasar gua yang tanpa cahaya, di dasar samudera, hingga di lapisan es.
Karena itu Archaebacteria juga disebut sebagai extremophile.
Sebaliknya sel Eubacteria banyak ditemui di lingkungan yang dekat dengan manusia dan makhluk hidup lainya.
4. Cara berkembang biak
Sel Archaebacteria mapupun Eubacteria sama-sama berkembang dengan pembelahan biner, namun Eubacteria dapat menghasilkan spora.
Kemampuan menghasilkan spora ini tidak dimiliki oleh Archaebacteria.